继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：克莱尔·丹妮丝 丹尼斯·奎德 莎姬·贝兹 蒂莫西·奥利芬特 海皮·安德森 法尔杜特·夏尔马 Gerald Jones Lucian Zanes Ethan Stoddard 苏珊·萨瓦 Jarod Lindsey Anita Sabherwal Shemar Jonas 乔·卡尼亚诺 Stephen Badalamenti Christian Miranda 丹尼·霍奇 Kareem Savinon 陈大卫 蒂娜·王-卢 贾雷尔·杰罗姆 亚历克斯·温特 吉姆·加菲根 维多利亚·丹尼尔科-佩特罗夫斯卡娅 麦
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演员：鲁伯特·格林特 尼克·弗罗斯特 皮帕·贝内特-华纳 玛拉马·科利特 卡尔·特奥巴德 丹尼尔·里格比 伯琳达·斯图尔特·威尔逊 Camilla Beeput 琳赛·洛翰 唐·约翰逊 达斯汀·德姆瑞·伯恩斯 戴维·坎恩 米尔斯·理查森 Alison King 旺达·奥普琳斯卡 保罗·布莱克维尔 洛利·阿德福普 拉斯科·阿特金斯 霍纳·妮芙茜 大卫·厄尔 彼得·辛格
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